La désinfection des endoscopes (DE) thermosensibles est une activité complexe qui justifie la mise en place d’une démarche globale de prévention des risques. Dans le cadre de la certification V2 du centre hospitalier de Tarare, en juin 2006, cette activité avait fait l’objet d’une décision de suivi par la Haute autorité de santé. Cet article présente la démarche d’analyse préliminaire des risques (APR) appliquée aux critères techniques de choix d’un module semi-automatique de DE et à l’organisation de l’activité autour de ce module. Méthode. Un groupe de travail pluridisciplinaire, associant les professionnels impliqués dans la DE et le gestionnaire de risques de l’établissement, a été réuni. Le programme de travail a compris une analyse fonctionnelle du système, la définition d’outils d’évaluation (liste générique de facteurs de risques, échelles de gravité, vraisemblance et criticité), l’APR, un plan d’actions de maîtrise des risques hiérarchisés. L’analyse fonctionnelle a décomposé le traitement des endoscopes en fonctions élémentaires. Cette description préliminaire du système a permis de structurer le recueil des risques, dont la liste a été établie selon les 5M (méthode de résolution de problèmes de l’arbre d’Ishikawa). Résultats. L’étude a mis en évidence 61 scénarios à risques, dont 38 risques de criticité inacceptable (défaut de formation, non-respect des consignes d’hygiène, défaut de traçabilité…). Un plan de 36 actions principales et prioritaires de maîtrise des risques a donc été élaboré. Conclusion. L’APR et le plan d’actions de maîtrise qui en a découlé ont permis d’organiser l’activité de DE de façon optimale, en conformité avec les référentiels en vigueur. Ce travail a servi de support pour construire le rapport de suivi ayant permis de lever la décision de suivi en novembre 2007.